一、在自貿區注冊公司的優勢

1.自由貿易區的貨幣流通相對自由;2.進出口審批流程快，實行先進的后申報制度;3.取消資本項目管制，實現人民幣可兌換;4.注冊審批流程短，先發許可證;5.保稅區內企業加工生產的貨物和應稅勞務免征增值稅和消費稅;

6.金融業由國家財政支持。

二、上海自貿區相比普通公司的優勢

1.返稅政策：返稅最高的區域在崇明，返還地稅部分的50%，由財政局直接返還到企業賬戶；是奉賢返還地稅部分的20%-40%；2.高新補貼：涉及到高新技術行業的，可以注冊在有高新補貼的區域；比如：浦東臨港、張江；3.免關稅政策：涉及到進出口及轉口貿易的，可以設立在自由貿易區，享受免關稅政策；
4.在注冊公司上：相對于區外的注冊公司而言，上海自貿區監管還是比較較松。與一般的注冊公司相比，減少了公司注冊的環節和注冊時間。
5.在監管上：在監管上，自貿區更少的受到強制的制度控制。比如沒有公司年檢制度。這就會省去一些不必要的繁雜步驟。
6.自貿區還可以開FT賬戶，方便不同幣種的結算。

三、注冊公司所需材料清單和流程

注冊公司的流程：

1.準備基本的注冊信息

2.核名

3.股東人員簽字

4.遞交工商材料

5.領取執照

6.刻章備案

7.銀行開戶

8.稅務開通（每月正常報稅，做賬）