申請ISO45001認證的流程大致分為：報名、培訓、管理體系文件設計，實施及調整，內控環境評審，認證機構審核，業務體系認證，信息披露和發證，并維持認證狀態。

1、報名：進行報名登記，獲取系統文件及認證要求，與認證機構簽訂服務協議，及時準備認證所需的各種相關資料。 

2、培訓：培訓可以自行組織，也可以到認證機構報名參加培訓。培訓過程中了解不同質量和安全的規范要求，并完成培訓證書認證，為進行管理體系文件設計，實施及調整打下基礎。

3、管理體系文件設計，實施及調整：根據認證要求，設計內控環境相關管理文件，如組織架構、職責權限、業務流程、行業規范、安全和健康方面的管理制度，以及管理體系文件存檔記錄等。

4、內控環境評審：認證機構審核完管理體系文件后，對企業內控環境進行評審，對企業眾多流程的有效性，規范的屬性以及評估企業的管理體系效果、開展能力等各項內容都要進行深入的調查。

5、認證機構審核：審核成績合格后，企業可根據認證機構的要求及時報送認證申請。