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細胞膜由數百種脂質組成，其中嵌入了不少蛋白質復合物，例如離子通道、受體和支架復合物等，這些蛋白質組裝體充當生命基礎過程的信號和運輸平臺，并且是大量治療藥物的靶標。通過質譜分析它們的表達、結構、修飾以及蛋白質與蛋白質相互作用卻落后于可溶性蛋白質的類似研究。

膜蛋白之間的相互作用分析是了解其功能的重要手段，為結構和功能的研究提供了大量的信息，目前常用的膜蛋白相互作用研究方法主要有Pull down、GST Pull down、化學交聯、酵母雙雜以及質譜技術。膜蛋白互作蛋白質譜就是利用質譜技術研究相互作用的膜蛋白質，質譜技術主要是對相互作用的膜蛋白質進行定性和定量鑒定，旨在對相互作用蛋白進行表征，對蛋白質功能進行分析。膜蛋白質相互作用分析的一個重要方面是利用洗滌劑在增溶步驟中維持蛋白質之間的相互作用。對于完整的膜蛋白親和純化和交聯實驗來說，大概率只能檢測到較強的相互作用，對于瞬時的和微弱的蛋白質相互作用靈敏度不夠。

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