在水污染侵權案件中，如果評估機構無法合法評估損失或其評估結果存在爭議，法院會考慮其他證據和專家意見來做出判決。以下是可能的做法：

證人證言：法院可能會聽取受害方、目擊者或相關專業人士的證言，以了解事發時的情況和損失的程度。

相關證據：法院會考慮提交的其他證據，例如照片、視頻、報告、記錄等，以幫助確定損失的程度和價值。

專家意見：法院可能會聘請專業領域的專家，例如環境科學家、水污染專家或經濟評估師，就損失進行評估和提供專業意見。

公眾權益保護：水污染案件通常涉及公眾利益和環境保護問題。法院可能會考慮社會公眾的利益和環境損害的重要性，以作出公正的判決。

*終的判決將由法院根據涉案事實、適用的法律和相關證據綜合考慮做出。法院會根據各種證據的可靠性、**性和合理性來評估損失，并依法判決相應的賠償金額或采取其他救濟措施。

具體的法律程序和判決方式可能因國家或地區而異。建議需要做評估請聯系 正聯坤彊第三方評估咨詢。