自然人代開模式的優勢主要是稅法公平性原則以及稅收效率原則的具體體現。具體體現在稅收成本以及稅負水平兩個方面。

這主要體現在自然人代開模式對于個人所得稅稅負的平衡以及解決企業無票成本問題上。

對個人而言，自然人代開模式下，納稅人可以享受個稅核定稅率，綜合稅率較低。傳統模式下，個人取得的收入應當按次預繳，并于年度終了時并入個人年度綜合所得進行匯算清繳納稅申報，適用3%~45%的累進稅率。而根據《山東省地方稅務局關于個人所得稅核定征收問題的公告》的規定，對未辦理稅務登記證件，臨時從事生產、經營的自然人納稅人，在向稅務機關申請開具發票時，對其取得的個體工商戶生產、經營所得，由稅務機關統一按開具發票金額（不含稅價）的1.5%核定征收個人所得稅。（地方政府可以根據自身的情況規定核定額度），稅負水平孰高孰低，一目了然。

對于企業，因為獲得了合規的成本發票，可以有效地解決企業所得稅稅負畸高以及增值稅無進項的問題。

稅收成本是指征納雙方在征稅和納稅過程（該過程開始于稅收政策的制定，結束于稅款的全額入庫）中所付出的一切代價（包括有形的和無形的）的總和，具體包括征稅成本、納稅成本及課稅負效應三個部分。自然人代開模式的優勢主要在于對征稅成本和納稅成本的優化。

征稅成本指政府為取得稅收收入而支付的各種費用，包括直接成本和間接成本。
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