在中國，申請便攜式超短波治療儀等二級醫療器械許可證涉及一系列步驟和要求。以下是一般的辦理流程：

準備申請材料：

公司資質文件：包括企業營業執照、生產許可證等。

產品技術文件：產品的設計圖紙、技術規格、性能測試報告等。

質量管理體系文件：質量手冊、SOP等。

申請表填寫：

填寫并提交醫療器械注冊申請表格，確保信息準確無誤。

技術評估：

國家藥監局對提交的申請文件進行技術評估，確認產品技術性能、安全性、有效性等。

現場審核：

可能進行企業的現場審核，核實生產過程、質量管理體系、設備等是否符合標準。

臨床試驗（如果適用）：

如果產品需要進行臨床試驗，需提交并進行相關試驗，并提供試驗結果報告。

審批：

經過審查和評估后，國家藥監局會對申請進行終審批決定，是否頒發醫療器械注冊證書。

這些步驟涉及到嚴格的法規和標準，需要確保產品符合醫療器械的相關技術標準和質量要求。申請過程中還需要嚴格遵守相關法規和程序，以確保申請的順利進行和成功獲得許可證。如果企業沒有相關經驗或資源，可能需要尋求咨詢服務或代辦機構的幫助來完成注冊過程。