納豆激酶的分子量通常在25KDa-35KDa范圍之間，這一分子量范圍使其能夠有效地與生物體內的纖維蛋白結合，從而發揮其生物活性。在納豆激酶的生產過程中，發酵液的分離純化對最終的納豆激酶純度有著顯著的影響。

膜分離技術已廣泛應用于生物發酵液的過濾精制、提純濃縮等工藝環節。如納豆激酶發酵液，可選擇膜分離微濾、超濾技術，除去發酵液中的大分子雜質和細胞殘骸，透過提純納豆激酶。再采用精度較高的超濾膜，除去小分子雜質，如小肽和氨基酸，富集濃縮納豆激酶，相當于雙向切割，抓出納豆激酶，確保納豆激酶的高純度和活性。

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